Se refiere mayormente a cualquier técnica que haga uso de chakra y que permite al usuario realizar cosas que en otras cirscunstancias sería incapaz de hacer. Al contrario del gentjutsu, que hace que el enemigo vea ilusiones, los ataques del ninjutsu, son unos reales. El ninjutsu la mayoría de las veces para ser efectivo necesita realizar una serie de sellos con las manos (cada sello muestra un animal diferente del zodiaco chino). Para poder moldear el chakra que se necesita para poder realizar la técnica se debe seguir una secuencia de sellos, los cuales para una misma técnica pueden variar dependiendo del usuario: si es novato, tendrá que realizar más sellos o la secuencia completa, mientras que uno con más experiencia lo realiza con una secuencia más corta. También encontramos algunos ninjutsu los cuales podríamos clasificar como jutsu de elementos, en estos casos se hace uso de un elemento (agua, viento, fuego, tierra y electricos) específicos(algunos elementos como madera o hielo son producto de la union de dos elementos, así uniendo tierra y agua se obtiene madera y uniendo viento y agua se obtiene hielo).
Son las tecnicas mas comunes en el mundo de Naruto casi cada familia posee una tecnica especial de uso de chakra, la cual permite al usuario relizar algun tipo de actividad exepcional, que un humano comun no podria realizar, como controlar sombras, lanzar bolas de nergia, expulsar fuego por la boca, realizar clones de uno mismo. Esto se realiza con una gran concentracion del usuario, que se canaliza atravez de sellos (posiciones especiales de mano que permiten liberar el chakra).