Es una especialidad dentro de los ninjutsu, son técnicas creadas por los ojos, capaces de ver a través de los tres tipos de técnicas, es decir, genjutsu, taijutsu y ninjutsu. Generalmente son ninjutsu de línea sucesoria también. Hasta el momento, sólo se han visto tres de estos en la serie: el byakugan, el sharingan y el rin'negan.
Kekkei Genkai o Hi jutsu
Son habilidades que pasan genéticamente de generación en generación en clanes específicos. Muchos de estos clanes desarrollan técnicas relacionadas a sus habilidades de linea sucesoria, conocidas como técnicas de linea sucesoria. Las habilidades y las técnicas relacionadas al Kekkei Genkai no pueden ser copiadas o aprendidas por otros fuera del clan (ni si quiera con el Sharingan), ya que se requieren las habilidades específicas de los miembros de cada clan, sin embargo, es posible reproducirlas a través de manipulación genética o trasplante de órganos.